Квалификация была перенесена на воскресенье из-за тайфуна "Маон", самого сильного на восточном побережье Японии за последние десять лет и началась в девять утра по местному времени, за пять с половиной часов до гонки.
Михаэль Шумахер: "Сегодня мы работали в несколько непривычных условиях, по ходу уик-энда мы так и не смогла поработать на сухой трассе, а субботние свободные заезды были отменены, так что с выбором резины могли возникнуть небольшие проблемы. Однако в Bridgestone хорошо знакомы с этой трассой, проблем не было и мы не случайно выиграли квалификацию".
Вторая квалификация
Облачно, влажная трасса. Воздух+26С. Трасса +27С. Влажность 79%.
| Пилот | Команда | Время | Разница | Круги | |
| 1. М.Шумахер | Ferrari | 1'33"542 | 223.485 км/ч | 03 | |
| 2. Р.Шумахер | Williams | 1'34"032 | + 0'00"490 | 03 | |
| 3. М.Уэббер | Jaguar | 1'34"571 | + 0'01"029 | 03 | |
| 4. Т.Сато | BAR | 1'34"897 | + 0'01"355 | 03 | |
| 5. Д.Баттон | BAR | 1'35"157 | + 0'01"615 | 03 | |
| 6. Я.Трулли | Toyota | 1'35"213 | + 0'01"671 | 03 | |
| 7. Д.Физикелла | Sauber | 1'36"136 | + 0'02"594 | 03 | |
| 8. Д.Култхард | McLaren | 1'36"156 | + 0'02"614 | 03 | |
| 9. Ж.Вильнёв | Renault | 1'36"274 | + 0'02"732 | 03 | |
| 10. О.Панис | Toyota | 1'36"420 | + 0'02"878 | 03 | |
| 11. Ф.Алонсо | Renault | 1'36"663 | + 0'03"121 | 03 | |
| 12. К.Райкконен | McLaren | 1'36"820 | + 0'03"278 | 03 | |
| 13. Х.Монтойя | Williams | 1'37"653 | + 0'04"111 | 03 | |
| 14. К.Клин | Jaguar | 1'38"258 | + 0'04"716 | 03 | |
| 15. Р.Баррикелло | Ferrari | 1'38"637 | + 0'05"095 | 03 | |
| 16. Н.Хайдфельд | Jordan | 1'41"953 | + 0'08"411 | 03 | |
| 17. Т.Глок | Jordan | 1'43"533 | + 0'09"991 | 03 | |
| 18. Д.Бруни | Minardi | 1'48"069 | + 0'14"527 | 03 | |
| 19. Ф.Масса | Sauber | Без времени | |||
| 20. Ж.Баумгартнер | Minardi | Без времени | |||
Первая квалификация
Облачно, влажная трасса. Воздух+24С. Трасса +24С. Влажность 90%.
| Пилот | Команда | Время | Разница | Круги | |
| 1. Я.Трулли | Toyota | 1'37"716 | 213.938 км/ч | 03 | |
| 2. М.Шумахер | Ferrari | 1'38"397 | + 0'00"681 | 03 | |
| 3. Р.Шумахер | Williams | 1'38"864 | + 0'01"148 | 03 | |
| 4. М.Уэббер | Jaguar | 1'39"170 | + 0'01"454 | 03 | |
| 5. О.Панис | Toyota | 1'40"029 | + 0'02"313 | 03 | |
| 6. Т.Сато | BAR | 1'40"135 | + 0'02"419 | 03 | |
| 7. Д.Физикелла | Sauber | 1'40"151 | + 0'02"435 | 03 | |
| 8. Р.Баррикелло | Ferrari | 1'41"001 | + 0'03"285 | 03 | |
| 9. Д.Култхард | McLaren | 1'41"126 | + 0'03"410 | 03 | |
| 10. Д.Баттон | BAR | 1'41"423 | + 0'03"707 | 03 | |
| 11. К.Райкконен | McLaren | 1'41"517 | + 0'03"801 | 03 | |
| 12. Ф.Масса | Sauber | 1'41"707 | + 0'03"991 | 03 | |
| 13. Ж.Вильнёв | Renault | 1'41"857 | + 0'04"141 | 03 | |
| 14. К.Клин | Jaguar | 1'42"054 | + 0'04"338 | 03 | |
| 15. Ф.Алонсо | Renault | 1'42"056 | + 0'04"340 | 03 | |
| 16. Н.Хайдфельд | Jordan | 1'42"434 | + 0'04"718 | 03 | |
| 17. Т.Глок | Jordan | 1'43"682 | + 0'05"966 | 03 | |
| 18. Х.Монтойя | Williams | 1'44"370 | + 0'06"654 | 03 | |
| 19. Д.Бруни | Minardi | 1'45"415 | + 0'07"699 | 03 | |
| 20. Ж.Баумгартнер | Minardi | Без времени | |||